大江戸町の人々は大パニック！桃の形をした巨大UFOが現れ、大江戸城を大舞台に変えた桃山将軍たち！皆は窮地を救おうとゴエモンを頼りにしているが、ゴエモンは何が起こっているのかさえ気づいていない！私たちのヒーローは、将軍がこれ以上の被害を与える前に彼らを止めることができるでしょうか?
Mystical Ninja Starring Goemon は、ゼルダの伝説 時のオカリナに似たスタイルのアクションベースの RPG です。これは、SNES の The Legend of the Mystical Ninja 以来、初めてローカライズされた Goemon ゲームでもあります。プレイヤーはゴエモンとその仲間たちを操作して、桃山将軍を阻止するために古代日本を旅します。キャラクターと会話したり、パイプで敵を殴ったり（または敵にコインを投げたり）、「プラズマ！」と叫ぶ狂気の占い師を訪ねることができます。理由もなくランダムな間隔で。
Goemon チームの各メンバーは、プレイヤーがゲームを進めるにつれて、新しいエリアにアクセスするための特別な能力を学ぶこともできます。ゴエモンは、通常は移動できないブロックを移動できる「サドンインパクト」パワーを獲得し、エビス丸は小さな亀裂を通過できるように小さく縮小することができ、サスケは超高ジャンプを獲得し、ヤエは変身する能力を獲得します。人魚は水中を泳げるようになります。
いつものように巨大ローラースケートロボットImpactが登場。プレイヤーは彼を使って建物を踏み倒し、パンチアウトで巨大なメカボスキャラクターと一人称モードで対決します!!スタイルのゲーム。
